Το Joy-Con αντιμετωπίζει προβλήματα με τον αναλογικό μοχλό του από την εμφάνισή του, με τη Nintendo να αντιμετωπίζει το ζήτημα με δωρεάν επισκευές στη Βόρεια Αμερική από το 2019. Οι επισκευές αφορούσαν και τα εκτός εγγύησης προϊόντα.
Η ιαπωνική εταιρεία ακολούθησε στη συνέχεια την ίδια πολιτική και στη Γαλλία και τις χώρες της Νοτίου Αμερικής και πλέον, το επεκτείνει σε ολόκληρη την Ευρωπαϊκή Οικονομική Κοινότητα, καθώς και το Ηνωμένο Βασίλειο και την Ελβετία. Αυτό σημαίνει πως οι δωρεάν επισκευές για το Joy-Con ισχύουν πλέον και στην Ελλάδα, ενώ το πρόγραμμα θα συνεχίσει να επεκτείνεται. Οι επισκευές θα αφορούν σε προβλήματα απόκρισης καθώς και στο drift του μοχλού, ακόμα και αν αυτό είναι αποτέλεσμα φθοράς και όχι αστοχίας της ίδιας της εταιρείας.
Αξίζει να σημειωθεί πως στην Ευρώπη η εγγύηση είναι διετής και όχι μονοετής. Η διάρκεια της εγγύησης για το προϊόν διπλασιάστηκε όταν έρευνα του αρμοδίου φορέα για την προστασία των καταναλωτών βρήκε ότι το 88% των προβλημάτων που σχετίζονταν με αυτό προέκυψε εντός δύο ετών από την αγορά του. Ωστόσο, πλέον αυτό δεν έχει τόση σημασία, αφού οι επισκευές είναι δωρεάν, ανεξάρτητα από το αν έχει παρέλθει η διετία.
Ο ελαττωματικός αναλογικός μοχλός του Joy-Con έχει προκαλέσει έντονη κριτική στην Nintendo, με τον πρόεδρο της εταιρείας να απολογείται για αυτό το 2020. Από τη μία θεωρείται θετικό για τους καταναλωτές το γεγονός ότι η εταιρεία επισκευάζει όλα τα προϊόντα, χωρίς περιορισμούς, αλλά από την άλλη, ένα προβληματικό προϊόν εξακολουθεί να βρίσκεται στην αγορά. Φυσικά, το γεγονός ότι το πρόβλημα επιδιορθώνεται, δεν αναιρεί το προφανές: ότι δε θα έπρεπε να παρουσιάζεται καν, όχι με αυτή τη συχνότητα τουλάχιστον.